Biotopskydd handlar om områden som på grund av sina särskilda egenskaper är värdefulla livsmiljöer för hotade djur- och växtarter. Om du vill veta mer om biotopskydd, gå till Naturvårdsverkets informationssida Biotopskydd - bevarar biologisk mångfald (naturvardsverket.se)
Lyckebyån är klassat som särskilt värdefullt vattendrag genom dess kulturhistoriska värde. Dess läge med örlogsstaden Karlskrona gjorde ån till en mycket viktig farled längre tillbaka. Lyckebyån har utgjort gräns mellan Danmark och Sverige. Sträckan är variationsrik med skog, odlingar och stadsomgivning. Vattnet är relativt mörkt färgat vilket beror på humustillförsel från områden uppströms i systemet. I den nedre delen mot mynningen är båttrafiken omfattande. Från Lyckeby och ner till mynningen finns ett stort antal båtplatser där båtar ligger förtöjda. Mycket av fisket är inriktat på den nedre sträckan, från Lyckeby och ner till mynningen. Stadens närhet och det lättillgängliga fisket lockar många och på detta sätt är ån en värdefull resurs för stadens invånare liksom inom hälsoaspekter. Många rör sig längs ån. På sträckorna längre uppströms trivs öringen där biotoperna är mer strömsatta. En omtyckt vandringsled finns längs ån.
Ån håller höga naturvärden och är även dricksvatten. Ån håller många olika typer av miljöer, alltifrån lugna mynningsområden vid kusten till forsande partier med öring och flodpärlmussla.